医療の場面においても様々な課題があります。 医療機関では『LGBTQ』への理解が深くなされていなければいけませんが、専門機関も少なく、場合によっては『LGBTQ』を認めてもらえないケースもあります。
例えば一緒に暮らしているパートナーが意識不明に陥り入院した際、同性パートナーであったため、病院や医師から安否情報の提供や治療内容の説明を受けられず、面会も拒否されたこと例があります。
またトランスジェンダーでありながら戸籍上の性別が変更できていない場合、医療機関の受付で戸籍上の名前で呼ばれることから、受診し辛くなったケースもあります。
結婚の問題にも関わりますが、同性パートナーが認められないことや、性的マイノリティへの配慮の欠如が医療関係の場でも起こっています。